Здравствуйте, Елена. Позвольте поделиться кулинарным опытом по вашему вопросу.
Для того чтобы бульон остался максимально прозрачным, жир рекомендуется снимать именно в процессе варки, как только он начинает скапливаться на поверхности. Если оставить его до конца приготовления, то при постоянном кипении жир начинает эмульгироваться, то есть разбиваться на мельчайшие капли, которые смешиваются с водой. Именно это чаще всего и приводит к помутнению.
Что касается ваших закруток, то излишки жира могут негативно сказаться на сроке хранения и вкусе. Жир имеет свойство окисляться быстрее, чем сам бульон, что может придать консервации специфический прогорклый привкус через несколько месяцев. Поэтому лучше аккуратно убрать основную часть ложкой во время томления на медленном огне.