Дмитрий, здравствуйте. Если отвечать коротко: заморозить их технически можно, но их первоначальная текстура после этого полностью изменится.
В процессе брожения клеточная структура яблок и так становится более рыхлой. При отрицательных температурах содержащаяся в них влага замерзает и кристаллами льда окончательно разрушает растительные волокна. Поэтому после оттаивания яблоки неизбежно потеряют упругость, пустят много сока и станут водянисто-мягкими, по консистенции ближе к пюре или запеченным плодам. В качестве хрустящей столовой закуски они уже не подойдут.
Однако этот вариант вполне рабочий, если вы планируете использовать их как кулинарный полуфабрикат. Размороженные моченые яблоки отлично показывают себя при запекании с птицей (уткой, гусем), в качестве основы для кисло-сладких соусов к мясу, для тушения с квашеной капустой или в несладкой выпечке.
Если решите морозить для готовки, советую сразу достать плоды из рассола, слегка обсушить, удалить сердцевину, нарезать удобными дольками и расфасовать по небольшим герметичным пакетам. А если хотите сохранить их именно в классическом виде, лучше оставить в рассоле и найти место с температурой около 0–2 градусов тепла.