Елена, тут все дело в качестве самого сыра и его подготовке. Никогда не покупайте уже готовый натертый сыр в пачках. В него всегда добавляют крахмал, чтобы стружка не склеивалась в магазине. Из-за этого порошка сыр при запекании не плавится в единую массу, а засыхает неприятной жесткой коркой.
Лучше берите целый кусок полутвердого сыра с жирностью не менее сорока пяти процентов, например, Тильзитер или классический Сливочный. Храните его плотно завернутым в пергамент, чтобы он не заветривался в холодильнике, и трите прямо перед приготовлением.
Овощи сначала запекайте под слоем фольги минут пятнадцать, чтобы они размягчились. Потом снимите фольгу, посыпьте свеженатертым сыром и оставьте в духовке еще на пять минут. А вы какую температуру обычно выставляете при запекании, может духовка просто слишком сильно жарит сверху?